褐腐病菌幼时即被感染，不能鉴别。后期会形成不规则的灰白色“疙瘩头”，如拳头状极粗的疙瘩，或难以分辨的菌柄疙瘩等，表面有生长物。一层“白发”，温度在20以上时，病菇4-5天颜色变黑，然后腐烂，渗出褐色酱油状汁液，腐烂发臭；如果棚内温度低于20，这个过程就会变长，大约需要7天或更长时间。若子实体在生长中期被感染，菌盖表面出现褐色病斑，菌柄粗肥，随后菌体变软，还会渗出深褐色的液滴.病菇剖开时，内部组织由白色变为黑白色，菇体变软腐烂后，变成黑褐色，散发恶臭。主要是病菌孢子通过空气、人为、工具等渠道传播所致。防治措施：清理环境卫生。去年染病的老菇棚再利用前，可先去掉一层墙皮，然后堆上稻草放火，然后再次封棚，喷一次多菌灵溶液。米菇棚用50%多菌灵纯粉1公斤，均匀喷水80公斤左右，炖棚2天后即可使用。当温度低于13时，能抑制病菌的危害。将材料表面刮去0.20.3厘米厚，在地毯上喷洒70100倍的白地石去无精液，可有效抑制或杀灭某些致病菌。也可以采取预防措施。菌袋入棚后或播种后喷100-150倍白病祛毒精液，待出菇前加强一次。发病初期可喷2次，效果很好。早期发生褐斑病时，菇原基可变形。侵染幼菇时，菌柄或基部可出现褐色条纹，菌盖上布满褐色斑点。病菇向一侧生长。将病菇切开观察，内部组织呈黄褐色，干燥疏松，菇体不腐烂，无异味。该病发病初期可能因残留在土壤中并漂浮在空气中的致病孢子萌发，发病后迅速传播是通过人体、工具、昆虫，甚至喷水时溅水传播。防治措施：菇棚的处理可参照褐腐病。双孢蘑菇的生产提倡二次发酵技术；覆土材料应进行常规灭菌处理；菌袋入棚或鸡腿菇、双孢蘑菇覆土后，地毯喷药150倍，病害全除。发病初期，连续喷药100次，2次以上病不见踪影；为害严重时，将病菇全部清理干净，停水，通风晾干，烧掉病菇，清理料面，涂漆50遍，病无痕；清洁所有可能携带细菌的工具和材料均用600倍多菌灵溶液清洗。软腐病，又称霜霉病等。发病后菇床长满灰白色的病原菌菌丝，变为深灰绿色或深褐色。食用菌的菌丝因缺氧和病菌分泌物侵染而失去活力。出菇困难，病害严重前出现的子实体先从基部发育，向上延伸至菌盖。菌盖初出现大小不等的淡褐色水浸点，后被病菌覆盖。死亡，最后腐烂，一触即溃。其病原菌通过土壤物质、水、昆虫、人体和空气流动传播。防治措施：菇棚处理见上。加强菇棚通风条件的改善，尽量减少菌床或菌壁表面湿度，特别是人工喷水后，要及时通风；将基料的PH值调到7左右，耐碱品种可调到7。 9个左右；发病初期，菌床表面可见菌丝时，可喷全病100倍液。去除病菇，清理料面和覆土材料。喷完白病祛毒净100倍后，换上处理过的新土料，再喷白病祛毒净液150倍液，可以预防病害的发生。锈斑病引起的症状是在瓶盖表面形成圆形或椭圆形的锈色斑点。斑点边缘整齐，中间凹陷。很少有疾病，基本上不会感染鳃部。
本病为细菌性疾病。各种原辅材料、覆土材料、水中都潜伏着病菌。当气温在15以上，空气湿度大于85%时，病菌极为活跃。携带等途径更易诱发本病，尤其是在湿度大、通风不良的情况下。防治措施：菇棚投入使用前应进行彻底消毒；使用发酵物栽培时，基质应分解均匀；在发芽和出菇期间，无痕喷洒各种病害，达到预防的目的。发病初期多喷150倍菌杀灵液即可；病害严重时，除去病菇，清洗料面，喷70倍左右的杀菇灵液2次以上。日常管理时，空气湿度应保持在85%左右。不要过高，并保持合理通风，尤其是喷水后，瓶盖表面的水分应在1小时内蒸发掉，否则停留时间过长易诱发病害。黄斑感染初期，菌帽上有小点状淡黄色斑点。随着子实体的生长，范围扩大并感染其他子实体。然后颜色变深并扩展到整个帽子。侵染后期，菇体分泌黄褐色水珠，病株停止生长，继而萎缩死亡。病原菌喜高温高湿环境，特别是温度稳定在20以上，湿度在95%以上，二氧化碳浓度高时，极易诱发病害；当基质和菇棚内的水分不干净时，病害的发生率也很高。防治措施：加强通风，使棚内二氧化碳浓度降至0.5%以下；降低棚内湿度，特别是在需要保温的季节或时间段，将空气湿度控制在85%左右；发病初期喷70倍香菇杀病或喷2次灵液可有效抑制黄菇；病害中期后，应将病菇摘除，结合料面清洗和清洗，连续喷洒5070倍杀菇灵液24次。但要注意，喷药后要关棚12小时，然后加强通风，降低棚内温度。发生着色病的幼菇菌盖由灰褐色或深褐色变为局部或全黄色、焦黄色或瓦蓝色，抑制子实体的生长，生长速度明显减慢。影响产品质量。防治措施：发病原因是低温季节用煤炉取暖时，棚内一氧化碳和二氧化碳浓度高，子实体形成短期中毒症状。吸入此类气体后，盖子（尤其是边缘）会变色；质量差的塑料棚膜中有些化学物质，遇冷凝水析出，滴在子实体上，也会引起此类病害，常使菌盖发黄、烧焦；雾化器内的药物残留、外界一些有害气体的侵入等，也会引起这个问题。菇农要根据生产的具体情况查明发病原因，“对症下药”解决问题，切忌盲目用药。
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